Il dipinto è particolarmente affascinante per i critici e gli storici dell'arte moderna per la quantità di simbolismo storico che Da Vinci riesce a racchiudere in un'unica immagine. È anche un ottimo esempio dell'esperienza di Da Vinci in prospettiva. Gli storici dell'arte ritengono che il dipinto sia un riferimento all'incontro tra papa Leone X e il re Francesco I. Si ritiene inoltre generalmente che il dipinto sia stato realizzato in occasione del matrimonio tra Giuliano de Medici e Filiberta di Savoia.
Si ritiene che il lupo rappresenti il papa o la Chiesa cattolica romana nel suo insieme. Si pensa che l'aquila coronata seduta in cima al globo rappresenti il monarca francese e la terra potrebbe servire come rappresentazione del potere dell'imperatore tedesco in quel momento. Le figure raffigurate nell'Allegoria del lupo in barca e dell'aquila sono così suggestive da raggiungere quasi il livello della caricatura. È possibile interpretare l'immagine di Da Vinci come un primissimo esempio di cartone animato politico.
C'è sicuramente un riferimento all'attualità nel disegno e, sebbene sia meno ovvio che in alcune moderne vignette politiche, non è particolarmente difficile discernere il punto di vista di Da Vinci.
Da un punto di vista tecnico, Allegoria del lupo e dell'aquila in barca è un disegno di altissima qualità. C'è un chiaro senso della prospettiva (sebbene l'albero sullo sfondo sia un po' più vicino alla barca come probabilmente dovrebbe) e la vera sensazione che questo disegno rappresenti un'istantanea di una scena in movimento, piuttosto che una scena messa in scena come era comune in molti altri dipinti e disegni dell'epoca.
La figura dell'aquila è chiaramente la figura regale e più potente dei due e attira lo sguardo dell'osservatore molto prima che si presti attenzione alla creatura nella barca. Se il lupo è destinato, come sospettano molti critici, a rappresentare la chiesa, è da notare che Da Vinci ha scelto un'immagine abbastanza negativa e l'ha spinta sullo sfondo dell'immagine.
L'allegoria del lupo e dell'aquila in barca è un interessante esempio di opera d'arte "pura" di questo periodo della vita di Da Vinci. Non c'è particolare enfasi scientifica nell'immagine e si colloca chiaramente all'interno del lato "artistico" della produzione di Da Vinci. Tuttavia, come per tutto l'output di Da Vinci, è possibile leggere molto nel messaggio che Da Vinci potrebbe aver tentato di trasmettere.
La nozione di satira politica è un punto di partenza interessante per Da Vinci in quanto questo non è un tema che si incontra in molte altre sue opere, che tendono ad adottare un approccio molto più rigido e scientifico.
